Urkundlich erwähnt wird das Gut zum erstenmal im Jahr 1036. Dort wird „Ykamannincthorp“ als lehenspflichtiges Gut gegenüber dem Kloster Busdorf in Paderborn erwähnt. Vermutlich existierte der Hof schon zu sächsischen Zeiten, kam bei den Auseinandersetzungen zwischen Widukind und Karl dem Großen in fränkische Hand.

Bis 1628 war der Hof im Besitz der Meyer zu Eckendorf, wechselte in den folgenden 150 Jahren mehrfach den Besitzer. Allerdings erhält es durch Graf Ludwig zur Lippe alle adeligen Freiheiten und Gerechtigkeiten. 1774 kauft Christian von Borries den Besitz. Die Nachfahren der Familie von Borries bewirtschaften noch heute den Land- und forstwirtschaftlichen Betrieb Gut Eckendorf.